La data di erezione di questa Confraternita in Nemi a tutt'oggi risulta sconosciuta. Nella visita del Card. Cavalchini del 1759 si legge: "Decietate SS. Sacramenti… ob nimiam antiquitatem desideratur Bulla erectionis" e in quella successiva del Card. De Bernis del 1780: "Societas SS.mi Sacramenti est antiquissimae erectionis cuius non extat memoria".Delle visite pastorali, la più antica è del 1583 (card. Gesualdi). In essa si legge " in Ecclesia praedicta [s. Maria del Pozzo] adest Soc.tas S.mi Sacramenti que habet eius bona……."(foglio 14). È la notizia più antica finora ritrovata.
Il primo documento al momento noto, emerso dall'archivio della Confraternita - per anni smarrito, fortunosamente ritrovato nel 1996, che è in via di riordino anche se purtroppo lacunoso - che si riferisce alla Confraternita stessa, è una intimazione dell'Ordinario della diocesi di Albano Card. Giovanni Battista Deti del 31 marzo 1624, il quale "havendo noi sentito con nostro disgusto quanto li fratelli della Comp. Del Corpo di Cristo di Nemi siano freddi et poco ferventi nel servitio d'Iddio et nel vestirsi dille loro vesti" li richiama all'ubbidienza ai Superiori ufficiali. Appare curioso che la storia documentata dall'archivio della Confraternita debba proprio iniziare con un atto che stigmatizza il comportamento poco fervente dei confratelli. Ed è forse proprio questo il motivo che può aver spinto successivamente gli ufficiali di allora - il priore era Cristoforo Spada - a ricercare e ottenere l'aggregazione  all'Arciconfraternita del SS.mo Sacramento e delle Cinque Piaghe eretta in San Lorenzo e Damaso in Roma. Il brevetto di aggregazione fortunosamente recuperato anch'esso nel 1995, sancisce l'aggregazione della Confraternita Nemorense ad opera del Card. Ludovico Ludovisi, protettore della medesima Arciconfraternita, del suo priore Nicola Bellolatteo e dei custodi Fantino Taglietti, Gregorio Querino e Andrea Bruscione, il 22 maggio 1625.
Le vicende successive al momento sono di difficile ricostruzione.  Si conservano nell'archivio della confraternita una serie di registri risalenti al 1725 che contengono decreti, contratti, atti notarili, inventari, - tutto in corso di sistemazione e studio. Una tarda memoria (1911) dichiara che molti documenti di epoca anteriore sono andati distrutti con un incendio della parrocchiale avvenuto nel 1780 che avrebbe distrutto anche parte dell'archivio della Confraternita in essa contenuto. I libri delle visite pastorali attestano come nel 1759 il cardinale Cavachini riunì i beni di questa Confraternita quelli del sodalizio del SS.mo Rosario - esistente in Nemi dal 1611 (Anche di quest'ultima si conservano l'atto di erezione e svariati documenti) in un solo amministratore o camerario, affinchè, tolte le spese necessarie per le Confraternite il rimanente si impiegasse per la manutenzione del tempio assai povero.
Da quell'epoca fino ad oggi, Confraternita del SS.mo Sacramento non è venuta mai meno al compito assegnatogli dal decreto del Card. Cavalchini: curava i beni della stessa e l'edificio della Chiesa parrocchiale che di fatto era di suo diretto dominio, continuando ad occuparsi del culto e della manutenzione: provvide per gli obblighi di messe di propria spettanza al culto soprattutto eucaristico, alle feste del titolo parrocchiale; continuò a nominare e stipendiare il sacrestano, un bidello, l'organista, i cantori; a provvedere alla pulizia dei sacri lini e dei paramenti e al loro rifacimento, all'acquisto e alla cura degli arredi, alla manutenzione interna ed all'abbellimento delle cappelle e degli altari, ed esterna dell'edificio, realizzando tra l'altro il nuovo campanile e nuove campane, fino a sostenere le spese per la consacrazione della Chiesa, che benedetta già nel 1720, avvenne solo nel 1883. In questa epoca il numero dei confratelli iscritti era di cento uomini e settantuno donne.
Successivamente  (1890), venne sottoposta al controllo dello Stato con il susseguente obbligo di atti, presenti, almeno in parte, in archivio.
Il legato di Sacra Visita del Card. Parrocchi, D. A. Lombardi nel 1896, riscontrando irregolarità nella amministrazione sciolse il consiglio direttivo e ne nominò uno nuovo. Questo passaggio diede alla Confraternita nuovo impulso venne rinvigorita la fratellanza e l'impegno alla cura del culto e dei propri beni anche a vantaggio della Chiesa parrocchiale.
Sintomatico di tutto questo è la pratica avviata nel 1897 per la vendita di un trittico quattrocentesco, per ricavare la somma di lire cinquemila al fine del rifacimento del tetto della Chiesa.
Nel 1916, in occasione della visita pastorale del Card. Belmonte si osservava che era utile bene e giovevole l'ammissione di nuovi confratelli, ma non risulta al momento che questo allora sia avvenuto.
Con l'avvento della nuova disciplina giuridica scaturita dai Patti Lateranensi, venivano richiesti e prodotti una serie di atti per il riconoscimento del fine di culto, atti che portarono alla emissione del Regio decreto del 24 agosto 1936, che operava il passaggio della Confraternita del SS.mo Sacramento in Nemi, alle dipendenze dell'autorità ecclesiastica, per ciò che riguardava il funzionamento e l'amministrazione. Se questo riconoscimento la sottraeva al controllo civile degli atti, di fatto comportò una clericalizzazione della Confraternita, ridotta successivamente sempre più a longa manus dei parroci succedutisi nel tempo, riducendo ancora una volta la fratellanza. Nonostante ciò la Confraternita ha continuato ad operare soprattutto nell'amministrazione dei propri beni il cui ricavato era finalizzato al culto pubblico, a prendere parte ad esso, organizzando tra l'altro la festa patronale e quella del titolo parrocchiale, con le processioni relative in cui veniva portato l'antico stendardo ad essa appartenente.
I successivi Decreti Vescovili di approvazione di nomina del priore e degli altri ufficiali, attestano il suo continuo operare.  Nel 1971 venne avviata una riforma dello statuto della stessa Confraternita, ma non ebbe esito favorevole. Il successivo continuo avvicendarsi dei parroci ha prodotto una confusione nel sentire confraternale e nella amministrazione dei beni ad essa spettanti.
Nel 1996 veniva avviato un processo di ricognizione da un gruppo di persone pronte a rianimare la Confraternita, che raccoglievano l'adesione anche di altri. Azione che ha conseguito l'obiettivo con l ' approvazione di  un nuovo statuto ed eletto un nuovo consiglio direttivo, approvati con decreto vescovile del 14 giugno 1998.
La confraternita nell'anno 2000 è stata sollevata dal Card. Agostino Vallini, allora Vescovo di Albano dall’impegno della cura della Chiesa parrocchiale.
Nel 2005 veniva adottato lo statuto diocesano per le Confraternite dal Vescovo Mons. Marcello Semeraro che impegna la Confraternita al rinnovo triennale degli ufficiali.
Attualmente la Confraternita del SS.mo Sacramento ha 19 confratelli e consorelle iscritte e ha ha ripreso  con rinnovato spirito a svolgere le proprie attività. Oggi è impegnata attivamente nella pastorale parrocchiale, nelle opere di carità e nella valorizzazione del patrimonio storico artistico.